최근 거액의 세금추징 사실이 드러난 인천국제공항공사에 이어 나머지 국토교통부 산하 공공기관들이 세무당국으로부터 거액의 세금추징을 받은 것으로 드러나 회계투명성 논란이 확산될 것으로 예상된다.

지난 2008년 이후 국토교통부 23개 공공기관들 가운데 절반가량이 넘는 13개 공공기관들이 세무당국으로부터 세무조사를 받아 무려 총 3,530억 9,781만원에 이르는 거액의 세금을 추징당한 것으로 확인되었다.

가장 많은 세금을 추징당한 공공기관은 인천국제공항공사로 총 2,288억 2천만원에 이른다. 그 뒤를 이어 ▲한국도로공사 459억원 ▲대한주택보증(주) 360억원 ▲한국철도시설공단 163억원 ▲한국철도공사 111억원 ▲한국수자원공사 59억원 ▲한국공항공사 42억 1천만원 ▲코레일유통(주) 20억 8천만원 ▲한국감정원 16억 4천만원 ▲코레일네트웍스(주) 7억 6천만원 ▲한국건설관리공사 2억 7천만원 ▲코레일관광개발(주) 5천만원 ▲주택관리공단(주) 2천만원 등의 순으로 나타났다.

이같은 사실은 국회 국토교통위원회 소속 새정치민주연합 강동원 의원(남원·순창)이 국토교통부 및 소속기관으로부터 제출받은 자료를 통해 밝혀졌다고 22일 밝혔다.

이들 국토부 소속 13개 공공기관들은 세무당국으로부터 대부분이 정기세무조사를 받아 법인세, 부가가치세를 추징당한 것으로 나타났다.

특히 대한주택보증(주)의 경우에는 2012년에 국세청으로부터 정기세무조사를 받아 법인세 55억 9천여만원을 추징당한 데 이어 2013년에는 지방세인 취득세 304억을 추징당한 것으로 확인되었다.

또한 한국감정원의 경우에는 2011년에 법인세,부가가치세,원천세 등에 대한 정기세무조사를 받아 법인세 12억 4,100만원, 부가가치세 1억 9,900만원을 추징당한데 이어서 2013년에는 자가조사비 지급액 관련한 특별세무조사까지 받아 소득세 1억 5,600만원, 법인세 4,400만원을 추징당한 것으로 드러났다.

공공기관이 정기세무조사 이외에 특별세무조사까지 받은 것은 매우 이례적이다.

한편 교통안전공단의 경우에도 금년 8월부터 국세청으로부터 법인세, 부가가치세, 소득세 등에 대한 정기세무조사를 받고 있는 것으로 확인되었다. 
 
이처럼 세무당국으로부터 세무조사를 받아 총 3,531억원에 이르는 거액의 세금을 받은 13개 공공기관들 가운데 불과 5개 기관만 세무당국에 과세처분에 불복해 조세불복청구를 한 것으로 나타났다.

이들 조세불복 청구를 신청한 ▲인천국제공항공사, ▲대한주택보증(주), ▲한국철도시설공단, ▲코레일유통(주), ▲코레일네트웍스(주) 등 5개기관의 조세불복신청을 한 추징세액은 2,480억 8천만원에 이르고 있다.

하지만 이들 공공기관들이 세무당국으로부터 환급받은 금액은 26.9%인 667억 3천만원에 불과하다.조세불복청구 결과를 보면 ▲인천국제공항공사의 경우 추징세액 2,288억원 가운데 조세심판청구를 통해 663억원은 환급받았고, 현재 372억원에 대해 소송이 진행중이다.

한편 ▲대한주택보증(주)도 추징세액 36억에 대해 조세심판청구글 했으나 패소당했다.▲한국철도시설공단도 추징세액 136억원에 대해 이의신청,조세심판청구를 했으나 기각당했다. ▲코레일유통(주)은 2008년과 2013년에 추징당한 19억 6,962만원에 대해 의의신청, 조세심판청구 등 조세불복청구를 했으나 4,3513만원만 환급받았고, 지난해 신청한 조세불복청구는 기각당한 것으로 드러났다.

그러나 조세불복청구를 패소한 공공기관이 법원에 소송을 제기해 일부는 승소했거나 현재 소송이 진행중인 것으로 나타났다. 소송진행 및 결과를 살펴보면,▲인천국제공항공사는 지난해 추징당한 385억원에 대해 법원에 소송을 제기해 현재 1심 재판이 진행중이고, 대한주택보증(주)은 금년에 303억 9천만원에 대해 소송을 제기해 1심에서 전부 승소했다.

▲한국철도시설공단의 경우, 2008년 추징당한 136억원에 대해 법원에 소송을 제기해, 2012년 3월에 대법원에서 최종 승소해 추징세액 전액과 가산금 18억 등 총 154억원을 환급받은 것으로 나타났다. ▲코레일유통(주)도 지난해 추징세액 12억 2천만원에 대해 소송제기를 준비중에 있다.

한편, 대법원 최종 심판이 끝났거나 1심 소송이 진행중인 인천국제공항공사, 대한주택보증9주), 한국철도시설공단 등 3개 공공기관이 소송비용으로 지출한 비용은 2억 4,709억원으로 나타났다.

이처럼 인천국제공항공사에 이어 국토부 산하 13개 기관에서 지난 5년간 세무당국으로부터 3천 530억원에 달하는 거액의 세금을 추징당하고도, 절반도 안되는 기관들이 조세불복청구를 했다는 것은 그만큼 회계투명성이 매우 낮다는 것을 의미한다.

물론 일부 기관은 과세당국의 무리한 과세처분을 불복해 조세불복청구나 행정소송까지 가서 승소해 불필요한 소송비용을 지출하거나 시간적 피해를 입기는 했으나 공공기관들의 경영 및 회계투명성 제고가 필요하다는 것을 보여주는 단적인 사례다. 일부 기관은 정기세무가 아닌 특별세무조사까지 받아 세금을 추징당한 것은 공공기관의 위상과 역할을 망각하는 처사라고 비판했다.

이에 대해 강동원 의원은 “공공기관들이 천문학적인 규모로 세금을 추징 당한 것은 방만경영을 일삼고 있는 공공기관들의 불투명한 회계를 드러낸 것이다 향후 공공기관들이 세무당국으로부터 거액의 세금을 추징당하지 않도록 공공기관들이 계약을 맺은 세무대리인에 대한 관리· 감독을 강화해야 한다고 촉구했다.

또한 과세당국도 조세불복청구나 행정소송 등을 통해 과세처분이 패소하는 일이 없도록 무리한 과세처분을 지양하고 적법하고도 정당하게 세금추징을 해야 한다고 지적했다.